لطالما ورد اسم مدينة هيراكليون في الكتابات التي وجدت في مختلف الآثار الفرعونية في القاهرة والإسكندرية، لكن لسنوات طويلة لم يتمكن من إيجاد أي آثار تخصها، مما جعل الكثيرين يعتقدون أنها مجرد أسطورة.
لكن المفاجأة كانت عندما اكتشف عالم الآثار الفرنسي فرانك غوديو حقيقة وجود هيراكليون، عندما كان يبحث في عمق البحر عن آثار وسفن تعود للحملة الفرنسية على مصر في القرن الثامن عشر.
المدينة وجدت في منطقة المعادي على بعد 6.5 كيلومتر من شاطئ الإسكندرية، حيث وجد في أعماق المياه 64 سفينة غارقة و 700 مرسى والعديد من الكنوز الذهبية الدفينة، إضافة لتمثال يبلغ طوله 16 قدماً، وبقايا معبد آمون الذي كان موجوداً في المدينة، كما وجد العديد من التوابيت للحيوانات التي كانت تقدم كقرابين.
كل الآثار التي تم إيجادها تحتفظ بحالة أكثر من ممتازة مقارنة بعمرها الذي يقدر بـ2300 عام، وتقدم تلك الآثار لمحة عن المدينة التي كانت بحسب الكتابات المكتشفة واحدة من أعظم المدن الساحلية في العالم القديم، حيث كان ميناء هيراكليون-ثونيس وهما التسميتان المصرية واليونانية للمدينة، يتحكم في كل التجارة التي ترد إلى مصر القديمة.
المدينة القديمة كانت ترتكز كلها حول المعبد الذي يتوضع في وسطها، وتتقاطع داخلها القنوات المائية لتجعلها شبيهة بمدينة البندقية الإيطالية اليوم، الجزر الصغيرة التي تشكلها القنوات كانت تحتوي على المنازل والمتاجر ومرافق المدينة المختلفة.
لا يعلم أحد من المؤرخين السبب الدقيق لغرق مدينة هيراكليون لكنهم يؤكدون ن تلك الآثار قادرة على تأسيس متحف يجتذب الآلاف من السياح من مختلف أنحاء العالم.